Em 1558, início da colonização, foi criada a Aldeia do Divino Espírito Santo pelos padres jesuítas reunindo índios das várias aldeias tupinambás, ao redor de uma capela de taipa sob o comando dos jesuítas João Gonçalves e Antônio Rodrigues às margens do Rio Joanes.

Em 1562, na Igreja de "Santos Spiritus" ajuntaram sete aldeias, com mil pessoas. Há indícios que esses índios tenham participado da "guerra do Paraguaçu", apesar de serem tupinambás, assim como os índios do Vale do Paraguaçu (região onde é hoje o povoado de São Francisco de Iguape, pertencente a Cachoeira).

Mais tarde, já entre 1624 – 1640, os índios da aldeia do Espírito Santo participaram da luta contra a invasão holandesa, juntamente com o pessoal da Casa da Torre (hoje pertencente ao município de Mata de São João), o que fez crescer o índice de mortalidade por sucessivas epidemias e fome. Registrando-se antes mesmo da expulsão dos jesuítas no governo do Marquês de Pombal em 1755.

Com a expulsão dos jesuítas, a aldeia passou à categoria de Vila por provisão do conselho Ultramarino, Alvará Régio de 27 de setembro de 1758, denominando-se Vila Nova do Espírito Santo de Abrantes com a inauguração da Casa da Câmara e cadeia municipal (senado da Câmara e Pelourinho).
Tempos depois, passou a ser chamada apenas de Vila de Abrantes.

Extinta em 1846 pela Resolução provincial nº 241, de 16 de abril, a Vila foi integrada ao município de Mata de São João. Em 1848 foi restabelecida pela Resolução nº 310, de 3 de junho, tendo o território desmembrado de Mata de São João.

Nos séculos XVIII e XIX a Marquesa de Niza, passou a administrar a Vila através de Tomas da Silva Paranhos, que enviava juros e rendas (enfiteuses e laudêmios) até adquirir a propriedade. Este latifundiário deixou 9 herdeiros, entre eles Maria Joaquina da Silva Paranhos, casada com José Garcez Montenegro, de quem descende o desembargador Tomas Garcez Paranhos Montenegro.

No final do século XIX, a malha ferroviária baiana expandiu-se, com o objetivo de integrar o recôncavo e a região do São Francisco, onde Camaçari está estrategicamente situada entre as duas bifurcações (uma em Simões Filho em direção ao recôncavo e Alagoinhas, onde a estrada toma neste ponto outras duas direções – Médio São Francisco e Litoral Norte).

Abrantes perdeu importância econômica em relação ao desenvolvimento que o interior passou a oferecer e a sede do município passa a ser em Parafuso (tendo posteriormente a construção da estação de trem). Por força política, houve o retorno da sede para Abrantes em 1892.

A primeira composição administrativa (municipal) de Vila de Abrantes (sede), abrangia os distritos de Abrantes, Monte Gordo e Ipitanga (atual Lauro de Freitas). A lei municipal de 22 de março de 1920 criou o distrito de Camaçari, com território desmembrado de Abrantes, criação essa, confirmada pela Lei estadual nº 1422, de 4 de agosto desse mesmo ano.

A lei estadual nº 1809, de 28 de julho de 1925, modificou-lhe o topônimo para Montenegro (em homenagem ao Desembargador Tomas Garcez Paranhos Montenegro) e transferiu-lhe a sede para o arraial de Camaçari, elevado à categoria de vila. Mas em 1938, em razão do Decreto-lei estadual nº 10.724, de 30 de março de 1938, em que todos os municípios passaram a ter o nome de suas respectivas sedes, o município passou a denominar-se Camaçari, constituindo-se dos distritos de Camaçari, Abrantes, e Monte Gordo. Incluindo as localidades, Parafuso e Dias d’Ávila que foi elevada à categoria de Vila e Distrito em 1953 (lei nº 628 de 30 de Dezembro de 1953).

O nome, que inicialmente se escrevia Camassary, tem origem tupi-guarani. O significado é "árvore que chora", devido às folhas ficarem cobertas de gotículas.